船票是开启新区域探索的关键道具。打败四大天王后，回到家中与爸爸对话即可获得船票，随后小田卷博士会带主角去研究所升级全国图鉴。船票允许玩家前往水静市等新区域，解锁更多剧情和神兽捕捉机会。升级后的全国图鉴则能显示更多精灵信息，为后续收集和战斗提供便利。
基因之楔是二周目中用于神兽合体的核心道具。在捕捉酋雷姆后，玩家会获得基因之楔，可将酋雷姆与捷克罗姆或雷希拉姆合体为黑色酋雷姆或白色酋雷姆。合体后的神兽能习得专属技能冰结电击或冰冷闪光，大幅提升战斗能力。需注意合体后若需分离，队伍中需预留空位再次使用基因之楔。
圆形护符和心之水滴是提升战斗效率的重要道具。在慷待市的GameFreak办公室与森本&岩尾对战获胜后，可获得圆形护符，每日刷新的对战机会能帮助玩家快速积累经验。心之水滴则是拉迪亚斯的专属道具，能使其特攻和特防提高50%，相当于种族值突破700，对抗冠军级对手时效果显著。
Z纯晶和MEGA石在二周目后期占据战略地位。通过挑战岛屿之王哈拉可获得御三家的Z纯晶，而波尼岛的对战树则能兑换多种MEGA石。这些道具能激活精灵的终极技能或形态变化，例如炽焰咆哮虎的专属Z技能极恶飞跃粉碎击，或喷火龙的MEGA进化形态，均为对战树高连胜的必备条件。
究极球和奇异卡片用于捕捉特殊精灵及触发隐藏剧情。以太基金会提供的究极球专门用于收服究极异兽，其捕捉成功率远超普通精灵球。而红衣NPC给予的奇异卡片会引导玩家前往8号道路汽车旅馆，开启与国际警察合作抓捕UB系列精灵的支线任务，这些道具直接关联二周目的隐藏内容解锁。
