火影忍者手游中的副本系统是玩家提升实力、获取资源的核心玩法，主要分为剧情副本、挑战副本、团队副本和日常副本四大类型。剧情副本作为基础关卡，需要玩家熟悉角色技能和连招机制，通过精准的走位和技能衔接实现高效输出。挑战副本对操作要求更高，需针对BOSS攻击模式制定策略，例如忍界大战副本需在限定时间内完成多目标击杀，合理分配查克拉和奥义释放时机是关键。团队副本如十尾降临强调12人协作，各小队需明确分工，输出、控制、治疗角色需形成互补，通过语音沟通协调技能衔接。
战力提升是通关副本的基础条件，当副本推荐战力高于自身战力30%时，建议优先强化装备、升级通灵兽或镶嵌高阶勾玉。日常副本如修行之路和试炼之塔虽难度较低，但需每日完成以稳定获取强化材料。精英副本消耗10点体力，首次通关返还体力，扫荡可获得特定忍者碎片，每日限3次。秘境类副本需注意特殊机制，例如毒风秘境需规避持续伤害区域，烈焰修罗秘境要利用场景道具打断BOSS蓄力。
副本通用技巧包括观察BOSS前摇动作预判攻击范围，保留替身术应对致命伤害。合理搭配秘卷技能，如风遁·风压阵起手、水遁·水冲波控制，能有效提升容错率。连招过程中需注意保护值，避免过早触发倒地保护导致输出中断。高难度副本如第九章暴走鸣人关卡，需掌握火球坠落规律，Y轴位移规避全屏伤害，在霸体阶段保留高爆发技能。
忍者选择方面，秽土转生长门、神秘面具男等S级忍者拥有版本优势技能，但需注意2025年5月版本调整后部分角色前摇增加。平民玩家可优先培养地陆、死门凯等团购忍者，其技能机制适配多数副本环境。组队副本中建议配置1名治疗型忍者如纲手，搭配2名爆发输出。传承系统可将高等级忍者属性转移至新角色，但需消耗强化丸和金币。
副本资源规划需遵循优先级，首日体力应用于推进主线解锁天赋点，次日集中刷取装备突破材料。赏金副本需在45秒内击杀福禄丸以获取最高铜币奖励，避免使用奥义技能被闪避。极境修行等排名副本需在每周重置前完成，积分累积可兑换传说忍具。通过系统化的战力提升和机制掌握，能显著降低副本通关难度。
